《异形：夺命舰》的故事设定在系列首部曲之后，被雷普利抛出外太空的异形已经停止思考化作了一块太空陨石。维兰德公司派出回收船只，把这只究极生物带回了空间站做进一步研究......终于干满工龄的女主rain准备带着生化人andy离开杰克逊殖民地，这座被维兰德压榨的矿产殖民地环境恶劣，流行病泛滥且永远没有太阳升起，矿工死伤无数。
然而剥削的维兰德公司直接把她的工时翻了一倍，想要离开得再挖五年。走投无路的rain此时得到tyler等人的邀请，他们发现了殖民地上空有一艘维兰德的废弃飞船。只要从中得到休眠舱，他们就能在睡梦中眨眼去往伊瓦迦，生化人andy有权限可以帮忙开门。但抵达飞船时，他们才发现这是一座废弃空间站。在空间站与小行星带发生碰撞前，一行人有36小时完成任务。而飞船内部，还有我们最爱的生物正双向奔赴等着这些人肉孵化舱。
