洪秀全得悉韦昌辉被捉获，不作任何审讯，就下令将他五马分尸，他的党羽前后有两百人被杀。韦昌辉在死前，曾愤懑地说：“我为渠（洪秀全）除大害，今反责我而欲沽名耶！”
他被贬为“北孽”，还将他的尸体分割为方二寸许的一块块，悬挂城中各栅上，告示说：“北奸肉，只准看，不准取。”
秦日纲也被天王诏旨召回天京和同谋的陈承珞一起处斩。
韦昌辉的首级被贮放在盐箱里，飞马解递到芜湖附近某村的翼王驻地，石达开亲视果然是真的。他便于11月底回到天京。
天京内讧历时两个月。洪秀全及其家族是天京内讧最大受益者，他们成为太平天国最高的军国统治者，宗教的绝对权威，皇上帝唯一的代言人和化身。
但是，自此之后，人心改变，政事不一，各有一心，致使它所肇成的信仰危机，必然引起政治、军事危机的连锁反应。石达开出走是天京内讧后期的一件大事，也可以说是内讧的继续。
石达开是太平天国出类拔萃、才华出众的农民军事家、政治家。后来陈玉成在囚中，当问及太平天国人物时，他说：“皆非将才，唯冯云山、石达开差可耳。”李秀成被俘时也曾表示太平天国军
